现在杭州、台湾的援军没有到，陆要金、左明、游参将只好退回旅顺，与海军北海舰队互为犄角，崇祯十年二月十六日，阿敏派哈尔根通知陆要金，皇太极回师很可能攻打旅顺，陆要金问起哈尔根阿敏为什么还不举事，哈尔根以阿敏准备不充分推脱。
闻香教大元帅徐三姐逃至蒙城，遇到了侄女玉女圣剑率领的队伍，徐三姐对闻香教的事业已经心灰意冷，表示愿意归顺侄女的明教，玉女圣剑明确表示自己已经依附于薛家军了，徐三姐顿时明白侄女已经接纳了薛云，不由得暗笑迂腐，早几年干什么去了，如今的薛云是妻妾成群，连自己都偷吃了，想到侄女将来从了薛云，自己是跟薛云还是不跟薛云，要是跟薛云的话，那可是姑侄同侍一夫，还是让人觉得很难为情的。
玉女圣剑带着徐三姐徐徐退去，河南副将陈永福追至宿州宿水，被薛家军乔国梁，宋奎、刘满囤、牛三、马涛部四面杀出，玉女圣剑、徐三姐也回师反攻，薛家军、闻香教一万四千人对明军陈永福五千，整个战斗没有丝毫悬念，陈永福损失了过半人马，逃到了中都凤阳城，崇祯十年正月向刚刚到任的凤阳总督史可法求救。
凤阳总督史可法一上任就盯住了蒙城、宿州一带的明教，可还没有来得及动手，河南副将陈永福就做了试刀石，整整损失了两千多人，这还是薛家军怕震动太大，并没有宜将剩勇追穷寇，不然陈永福就算不被俘虏，多半也是个光杆司令了。
不过陈永福的兵败，让凤阳总督史可法彻底认清了，自己境内这支明教教军的真实身份，这分明就是暗藏在凤阳府的薛家军，史可法意识到问题的严重，一边悬兵勒马备战，一面上奏崇祯皇帝要求清剿薛云的在大明的军事势力。
在浙西“奉天正义大将军”黄希达被薛十三、薛综、薛博、郑芝豹等连败，崇祯十年二月，黄希达只好率领残部四千人逃至诸暨会稽山，黄希达亲自写信给大哥兼族长的黄希圣，表示自己所部愿意效忠薛云。
黄希达再次求见了燕三娘，递上了弟弟黄希达的归顺信，燕三娘看到黄希达肯承认夫君薛云为主人，对手表黄希达虽然有些心动，可是想到要直接跟薛十三、薛综、薛博过招，燕三娘不禁有些犹豫。
黄希达离开之后的几天，黄天娇先后找了燕三娘和陈小姐、吴慧、梅香、迎春、倪虹霜、任如萍，求姐妹们在燕三娘那里进言，希望薛家军出兵，保住叔叔黄希达这支人马，也算替自己留下一点本钱。
虽然黄天娇怀了私心，陈小姐、吴慧、梅香、迎春、倪虹霜、任如萍认为应该给黄希达一个机会，陈小姐、倪虹霜、任如萍从薛家军的利益考虑，还亲自去见了燕三娘，陈小姐对燕三娘顾虑跟薛十三、薛综、薛博交手不敢苟同，河南已经没有了闻香教，如果浙江再没有了黄希达，薛家军就会直接跟提出发生冲突了。
陈小姐、倪虹霜、任如萍对现在京城薛家人没有好感，提出不主动进攻薛十三、薛综、薛博就是，如果薛十三、薛综、薛博不识好歹的话，薛家军也不用对他们客气，朝鲜军认为以薛十三、薛综、薛博对薛家军的态度，薛家军早晚会跟薛十三、薛综、薛博有一场血战。
燕三娘见众姐妹都不待见薛十三、薛综、薛博这些薛家人，于是也从善如流，答应正式接收黄希达，由任如萍率领薛思远、薛大汉等五千人马，以白衣书生的“奉天正义大元帅”旗帜支援会稽山的黄希达部。
明军会攻会稽山的黄希达部的主力是：薛十三、薛综、薛博的联军和福建郑芝豹部，崇祯十年二月二十日，郑芝豹部兵进至东南四十里处，遭到一支不明武装的袭击，短短半个时辰八千人马就损失大半，郑芝豹一路南逃回福建了，后来郑芝龙仅收编了两千多逃回福建的郑家军，直到一年后薛家军亮出番号，郑芝龙才知道弟弟郑芝豹遭遇的是薛家军的特种部队，这可是薛家军中精锐中的精锐。
任如萍在会稽山会合黄希达部之后，薛十三、薛综、薛博的联军没了福建郑芝豹部配合，连续攻了三天会稽山，死伤了一千多人马，薛十三、薛综、薛博这才发现敌军的实力已经大大加强，二月二十六日，薛十三、薛综、薛博额辎重营被劫，缺少粮草物资的薛十三、薛综、薛博联军，只好向河南汝宁府退去，这时薛十三、薛综、薛博已经知道，杭州薛家军对自己几人不宣而战了。
崇祯皇帝得到凤阳总督史可法的奏折后，也觉得薛云的问题到了非解决不可的时候了，经过多年的努力，巨寇高迎祥已经被凌迟处死，闯将李自成溃不成军，八大王正在请求就抚，悍寇翻山鹞子高杰、撞塌天刘国能等纷纷归顺，朝廷终于能够腾出手脚对付薛家军了。
崇祯皇帝发上谕向熊文灿、卢象升、洪承畴询问杭州、大同、米脂的薛家军情况，并责令三人上奏应对方略，直到四月下旬熊文灿、卢象升、洪承畴三人的奏折才全部送到崇祯皇帝手里。
熊文灿、卢象升、洪承畴三人都认为薛家军已经尾大难掉，熊文灿以为杭州薛家军拥有了台湾岛，可以说成就了王霸之业，只可以缓取不可以力敌；卢象升认为大同薛家军实力超强铁板一块，如果明军贸然开战，几乎没有胜算，朝廷最好的办法就是晓以大义，化解大同薛家军的藩镇之势，洪承畴认为可以消灭米脂的薛家军，不过陕西方面一开战，就会牵一发而动全身，希望朝廷有统一对付薛家军的全盘计划，如果计划不周的话，薛家军的破坏力远超山陕的农民军暴动。
清剿薛家军可能产生的后果，崇祯皇帝清楚得很，不然也不会等到今天还没有出手，崇祯皇帝疑惑这薛云的情况，快十年了，会不会已经死在万里黄沙之中了，可是薛云的手下却没有人肯倒向朝廷，崇祯皇帝每每想到这些就非常的泄气。
崇祯皇帝只好命令熊文灿、卢象升、洪承畴三人加强战备，等突出对薛家军的方略出来后，大明官军能够尽可能的统一行动，崇祯皇帝之所以做出这样的决定，还是因为满清跟薛家军在旅顺的仗越打越大，崇祯皇帝起了坐收渔人之利的想法。
第843章 旅顺大战
崇祯十年二月二十六日，从朝鲜撤军的建虏大军，分水陆两路夹攻薛家军控制的旅顺，建虏加上朝鲜军总兵力达到十二万多人马，而驻扎旅顺的薛家军水陆人马只有两万左右，双方兵力的差距达到六倍以上。
战斗是从二月二十六日下午展开的，朝鲜水军的五十艘战舰，作为进攻薛家军的前锋，率先向薛家军北海舰队发动了进攻，陶要富、文老二分别乘坐“泰山号”“旅顺”三桅战舰指挥战斗，第一轮炮击朝鲜水军的五十艘战舰就八沉十二伤，损失水师官兵三千人，朝鲜水军在清军的同意下退出了战斗。
薛家军海军和朝鲜水军的交锋，使得陆要金非常生气，这朝鲜人就是贱骨头，是人牵起不走鬼牵起飞跑的家伙，薛家军对朝鲜实在是太善良了，这次跟建虏大战之后，请示主母好好教训一下朝鲜君臣。
真正的大战是从二月二十七日开始的，清军以水军佯攻牵制为辅，陆上清军和朝鲜军进攻为主，对旅顺城和旅顺港同时发起进攻，近两万朝鲜军率先进攻，在旅顺城下成了消耗薛家军手雷、弹药的牺牲品。
经过一个时辰的交锋，朝鲜军付出了一半士兵的伤亡后，清军的蒙古、汉军投入了战斗，薛家军陆要金、左明、游参将分别把守旅顺城东南北面，西面主要是薛家军北海舰队负责，战斗至下午申时，清军伤亡近万人，面对薛家军用之不竭的手雷、炸药包、火枪，最后皇太极没有让备战多时女真牛录攻城，提前结束了对旅顺城的进攻。
二十七日这一天，清军损失了一万八千人，除了进攻旅顺城阵亡五千人外，从海路进攻的清军损失了一百多艘小船，阵亡三千多士兵，这一百多艘小船大半是被薛家军的燃烧弹烧毁的，加上朝鲜军阵亡的三千士兵，清军第一天光阵亡人数就已经上万。
不过薛家军的损失也不小，防守旅顺城的陆军，伤亡达到两千多人，其中阵亡将士约八百人，北海舰队损失战舰五艘，一千海军士兵伤亡，有三百海军士兵牺牲，而薛家军最大的隐患是，为了沉重打击建虏的斗志，第一天就消耗了百分之二十的手雷、炸药包和子弹。
二十八、二十九两天，清军继续向薛家军进攻，不过攻击力度明显放缓，看样子清军放弃了一举拿下旅顺城的想法，跟薛家军打起了消耗战，不过两天战斗下来，清军每天还是赔上上千的士兵，从三月份开始，清军停止了对薛家军的进攻。
直到三月初十日，清军开始在旅顺城外修筑土台，陆要金知道真正的大战就要来临了，果然在三月十五日这天，清军从北面来了一支队伍，引起清军大营阵阵欢呼，当第二天清军往土台上架炮时，薛家军才明白昨天到来的是清军的炮兵部队。
清军炮兵部队就是由孔有德、耿仲明、尚可喜等懂得火器的明军叛军组成，孔有德、耿仲明、尚可喜是得到皇太极的手谕，第二天三月初一日就带着一万多汉军三十八门红衣大炮，从盛京直奔旅顺而来，一路上换孔有德、耿仲明、尚可喜马换人就是不停车，连更连夜走了十五天才赶到了旅顺城下。
陆要金在清军垒土台时，就知道清军很可能是要架炮，可是旅顺城的火炮够不着清军的土台，看到清军垒起近百个土台的雏形，陆要金知道情况不好，连夜跟海军都督陶要富商量，趁夜从“泰山号”“旅顺”三桅战舰上运下十门大佛朗机炮。
十六日这一天，面对清军在土台上架炮，薛家军又在大白天往城墙上运大佛朗机炮，薛家军动用八千人，花了整整一天的时间，终于把十门大佛朗机炮运到了城墙上的炮位，陆要金没有耽搁，立刻下令十门大佛朗机炮向城外的土台开炮。
从海军调来的炮手，打炮的技术果然高超，第一门大佛朗机炮仅仅试射了两炮后，第三炮就炸毁了一座清军的土台，土台上正在架炮的几十个清军，连同还没有架好的红衣大炮，一起被掀下了土台，土台下清军是一遍伤亡狼藉。
在随后的半个时辰里，薛家军轰掉了十几个土台，清军死伤数百人，还报销了好几门红衣大炮，孔有德、耿仲明、尚可喜率领的清军炮兵受不了了，纷纷逃出了薛家军火炮的射程，直到天黑薛家军炮兵炸塌了三十多个土炮台。
第二天天刚刚亮，薛家军炮兵借着黎明的阳光，就开始炮击清军有红衣大炮的土炮台，还没有来得及攻击旅顺城的清军炮台，被薛家军炮兵的炮火一一摧毁，开玩笑，在海里打活目标都没有问题，何况陆地上一动不动的土炮台。
皇太极辛辛苦苦经营了好几年的炮兵，拉出来还没有打第一仗，就被薛家军的火炮揍得落花流水，说到底还是大清国仿造的红衣大炮射程不足，不能对抗薛家军正宗的佛郎机大炮，等了十几天的大清炮兵排不上多大的用场。
皇太极以火炮对火炮的策略失败后，只好对旅顺城采取长期围困，不过这个计划并没有执行多久，四月十三日，薛家军海军第一第三舰队抵达旅顺港外海，在北海舰队的配合下，歼灭了满清水师大小战船三百余艘，建虏皇太极对旅顺薛家军的包围计划彻底失败了。
薛家军从台湾一次给旅顺方面补充了一万士兵，其中还有两千火枪兵，这使得旅顺薛家军的实力倍增，旅顺薛家军可是频频主动出击，不断消灭清军的有生力量，道三月底清军伤亡了八千多人。
被病魔缠身的皇太极彻底放弃了消灭旅顺薛家军的想法，于崇祯十年五月初三日，放火烧毁水军战舰六百多多，率领满汉蒙十万大军北返盛京，薛家军和清军旅顺之战结束，朝鲜军急忙退回鸭绿江东岸，盘踞义州一带与薛家军隔江对持。
崇祯十年六月初二日，薛家军第一第三舰队抵达仁川港，谴责朝鲜国助纣为虐进攻旅顺薛家军，要求朝鲜大王李倧断绝跟建虏的关系，派使者去杭州纳贡认罪哪知道朝鲜国做出鸵鸟模样，拒不理会薛家军海军的通牒，薛家军第一第三舰队在仁川港等候三天没有得到任何答复。
怒急之下的刘奔下令火焚仁川港，仁川港的三千多条舰船被付之一炬，大火烧了三天三夜才熄灭，这次的大火使得朝鲜国最后的一点水上力量损失怡尽，在之后的几年时间里，朝鲜国基本上失去了对朝鲜海域的控制，成了地地道道的陆上国家。
台湾内府王总管（薛庄王秀才），建议燕三娘让朝鲜光海君李珲复位，再不济也要把朝鲜割裂成两个国家，这个想法遭到台湾长史楚翊反对，长史楚翊认为朝鲜是边角之争，只要中原大局一定，朝鲜只要一纸诏书就可以摆平。
燕三娘也觉得大明的事情更棘手，无暇支持光海君李珲出兵朝鲜，让杭州海商调整方向，加强安南、日本这些新兴地区的贸易，这让杭州海商的利润大受影响，不过海上贸易就是这样，只有赚进腰包里的钱才是自己的钱。
崇祯九年清军入关，连破京畿十余城，崇祯皇帝朱由检急调卢象升率军驰援，中原农民军的压力减轻。苦苦支撑的张献忠乘机复起，联合罗汝才等部二十余万人，沿江东进，分散活动于蕲州、霍山一带，加上薛家军冒名的“闻香教”“奉天正义大将军”所部，整个湖北、河南、安徽民变军又活跃起来。
崇祯十年四月，崇祯皇帝任命熊文灿为五省总理，并增派京营禁军助战，用兵部尚书内阁大学士杨嗣昌的“四正”、“六隅”、“十面张网”围剿战略，张献忠的队伍遭受了巨大的困难。张献忠在进袭南阳的战斗中被左良玉部击败，本人也受了伤，幸被义子孙可望力救脱险，遂带部队退居谷城，为了保存实力，张献忠在谷城向五省总理熊文灿。
张献忠重金收买了熊文灿和他身边的人，受招抚后张献忠没有接受改编和调遣，不接受官衔，保持了独立性。他把四万人的部队分布在总部谷城的四郊，分四营，各设一员大将率领。在休整期间，集草屯粮，打造军器，招兵买马，训练士卒，等待时机准备东山再起。
刘国能、张天琳、罗汝才等农民军首领先后受抚，使得名不见经传的王长老所部成了湖北、陕西官军重点照顾的对象，湖北勋阳官军北上，陕西西安官军南下，在商洛山大败王长老的明教教军，杨护法在向北突围时阵亡。
王长老部两万多军民剩下不足万人，照顾商洛山根据地被摧毁，北去米脂高家军寨以无可能，王长老率部强渡黄河，进入河南河南府，摆脱了湖北、陕西官军，却被左良玉部迎头痛击，八千人马只剩下不到三千人，老营的辎重妇孺丢了个干干净净。
王长老以郎铁柱为先锋，一路流动作战奔向北直隶，准备去那里寻找明教的力量，哪知道在开封府连遭官军堵截，队伍减员非常严重，崇祯十年八月逃至北直隶大名府边境时，王长老所部已不足一千人。
闻香教大元帅徐三姐逃至蒙城，遇到了侄女玉女圣剑率领的队伍，徐三姐对闻香教的事业已经心灰意冷，表示愿意归顺侄女的明教，玉女圣剑明确表示自己已经依附于薛家军了，徐三姐顿时明白侄女已经接纳了薛云，不由得暗笑迂腐，早几年干什么去了，如今的薛云是妻妾成群，连自己都偷吃了，想到侄女将来从了薛云，自己是跟薛云还是不跟薛云，要是跟薛云的话，那可是姑侄同侍一夫，还是让人觉得很难为情的。
玉女圣剑带着徐三姐徐徐退去，河南副将陈永福追至宿州宿水，被薛家军乔国梁，宋奎、刘满囤、牛三、马涛部四面杀出，玉女圣剑、徐三姐也回师反攻，薛家军、闻香教一万四千人对明军陈永福五千，整个战斗没有丝毫悬念，陈永福损失了过半人马，逃到了中都凤阳城，崇祯十年正月向刚刚到任的凤阳总督史可法求救。
凤阳总督史可法一上任就盯住了蒙城、宿州一带的明教，可还没有来得及动手，河南副将陈永福就做了试刀石，整整损失了两千多人，这还是薛家军怕震动太大，并没有宜将剩勇追穷寇，不然陈永福就算不被俘虏，多半也是个光杆司令了。
不过陈永福的兵败，让凤阳总督史可法彻底认清了，自己境内这支明教教军的真实身份，这分明就是暗藏在凤阳府的薛家军，史可法意识到问题的严重，一边悬兵勒马备战，一面上奏崇祯皇帝要求清剿薛云的在大明的军事势力。
在浙西“奉天正义大将军”黄希达被薛十三、薛综、薛博、郑芝豹等连败，崇祯十年二月，黄希达只好率领残部四千人逃至诸暨会稽山，黄希达亲自写信给大哥兼族长的黄希圣，表示自己所部愿意效忠薛云。
黄希达再次求见了燕三娘，递上了弟弟黄希达的归顺信，燕三娘看到黄希达肯承认夫君薛云为主人，对手表黄希达虽然有些心动，可是想到要直接跟薛十三、薛综、薛博过招，燕三娘不禁有些犹豫。
黄希达离开之后的几天，黄天娇先后找了燕三娘和陈小姐、吴慧、梅香、迎春、倪虹霜、任如萍，求姐妹们在燕三娘那里进言，希望薛家军出兵，保住叔叔黄希达这支人马，也算替自己留下一点本钱。
虽然黄天娇怀了私心，陈小姐、吴慧、梅香、迎春、倪虹霜、任如萍认为应该给黄希达一个机会，陈小姐、倪虹霜、任如萍从薛家军的利益考虑，还亲自去见了燕三娘，陈小姐对燕三娘顾虑跟薛十三、薛综、薛博交手不敢苟同，河南已经没有了闻香教，如果浙江再没有了黄希达，薛家军就会直接跟提出发生冲突了。
陈小姐、倪虹霜、任如萍对现在京城薛家人没有好感，提出不主动进攻薛十三、薛综、薛博就是，如果薛十三、薛综、薛博不识好歹的话，薛家军也不用对他们客气，朝鲜军认为以薛十三、薛综、薛博对薛家军的态度，薛家军早晚会跟薛十三、薛综、薛博有一场血战。
燕三娘见众姐妹都不待见薛十三、薛综、薛博这些薛家人，于是也从善如流，答应正式接收黄希达，由任如萍率领薛思远、薛大汉等五千人马，以白衣书生的“奉天正义大元帅”旗帜支援会稽山的黄希达部。
明军会攻会稽山的黄希达部的主力是：薛十三、薛综、薛博的联军和福建郑芝豹部，崇祯十年二月二十日，郑芝豹部兵进至东南四十里处，遭到一支不明武装的袭击，短短半个时辰八千人马就损失大半，郑芝豹一路南逃回福建了，后来郑芝龙仅收编了两千多逃回福建的郑家军，直到一年后薛家军亮出番号，郑芝龙才知道弟弟郑芝豹遭遇的是薛家军的特种部队，这可是薛家军中精锐中的精锐。
任如萍在会稽山会合黄希达部之后，薛十三、薛综、薛博的联军没了福建郑芝豹部配合，连续攻了三天会稽山，死伤了一千多人马，薛十三、薛综、薛博这才发现敌军的实力已经大大加强，二月二十六日，薛十三、薛综、薛博额辎重营被劫，缺少粮草物资的薛十三、薛综、薛博联军，只好向河南汝宁府退去，这时薛十三、薛综、薛博已经知道，杭州薛家军对自己几人不宣而战了。
崇祯皇帝得到凤阳总督史可法的奏折后，也觉得薛云的问题到了非解决不可的时候了，经过多年的努力，巨寇高迎祥已经被凌迟处死，闯将李自成溃不成军，八大王正在请求就抚，悍寇翻山鹞子高杰、撞塌天刘国能等纷纷归顺，朝廷终于能够腾出手脚对付薛家军了。
崇祯皇帝发上谕向熊文灿、卢象升、洪承畴询问杭州、大同、米脂的薛家军情况，并责令三人上奏应对方略，直到四月下旬熊文灿、卢象升、洪承畴三人的奏折才全部送到崇祯皇帝手里。
熊文灿、卢象升、洪承畴三人都认为薛家军已经尾大难掉，熊文灿以为杭州薛家军拥有了台湾岛，可以说成就了王霸之业，只可以缓取不可以力敌；卢象升认为大同薛家军实力超强铁板一块，如果明军贸然开战，几乎没有胜算，朝廷最好的办法就是晓以大义，化解大同薛家军的藩镇之势，洪承畴认为可以消灭米脂的薛家军，不过陕西方面一开战，就会牵一发而动全身，希望朝廷有统一对付薛家军的全盘计划，如果计划不周的话，薛家军的破坏力远超山陕的农民军暴动。
清剿薛家军可能产生的后果，崇祯皇帝清楚得很，不然也不会等到今天还没有出手，崇祯皇帝疑惑这薛云的情况，快十年了，会不会已经死在万里黄沙之中了，可是薛云的手下却没有人肯倒向朝廷，崇祯皇帝每每想到这些就非常的泄气。
崇祯皇帝只好命令熊文灿、卢象升、洪承畴三人加强战备，等突出对薛家军的方略出来后，大明官军能够尽可能的统一行动，崇祯皇帝之所以做出这样的决定，还是因为满清跟薛家军在旅顺的仗越打越大，崇祯皇帝起了坐收渔人之利的想法。
第843章 旅顺大战
崇祯十年二月二十六日，从朝鲜撤军的建虏大军，分水陆两路夹攻薛家军控制的旅顺，建虏加上朝鲜军总兵力达到十二万多人马，而驻扎旅顺的薛家军水陆人马只有两万左右，双方兵力的差距达到六倍以上。
战斗是从二月二十六日下午展开的，朝鲜水军的五十艘战舰，作为进攻薛家军的前锋，率先向薛家军北海舰队发动了进攻，陶要富、文老二分别乘坐“泰山号”“旅顺”三桅战舰指挥战斗，第一轮炮击朝鲜水军的五十艘战舰就八沉十二伤，损失水师官兵三千人，朝鲜水军在清军的同意下退出了战斗。
薛家军海军和朝鲜水军的交锋，使得陆要金非常生气，这朝鲜人就是贱骨头，是人牵起不走鬼牵起飞跑的家伙，薛家军对朝鲜实在是太善良了，这次跟建虏大战之后，请示主母好好教训一下朝鲜君臣。
真正的大战是从二月二十七日开始的，清军以水军佯攻牵制为辅，陆上清军和朝鲜军进攻为主，对旅顺城和旅顺港同时发起进攻，近两万朝鲜军率先进攻，在旅顺城下成了消耗薛家军手雷、弹药的牺牲品。
经过一个时辰的交锋，朝鲜军付出了一半士兵的伤亡后，清军的蒙古、汉军投入了战斗，薛家军陆要金、左明、游参将分别把守旅顺城东南北面，西面主要是薛家军北海舰队负责，战斗至下午申时，清军伤亡近万人，面对薛家军用之不竭的手雷、炸药包、火枪，最后皇太极没有让备战多时女真牛录攻城，提前结束了对旅顺城的进攻。
二十七日这一天，清军损失了一万八千人，除了进攻旅顺城阵亡五千人外，从海路进攻的清军损失了一百多艘小船，阵亡三千多士兵，这一百多艘小船大半是被薛家军的燃烧弹烧毁的，加上朝鲜军阵亡的三千士兵，清军第一天光阵亡人数就已经上万。
不过薛家军的损失也不小，防守旅顺城的陆军，伤亡达到两千多人，其中阵亡将士约八百人，北海舰队损失战舰五艘，一千海军士兵伤亡，有三百海军士兵牺牲，而薛家军最大的隐患是，为了沉重打击建虏的斗志，第一天就消耗了百分之二十的手雷、炸药包和子弹。
二十八、二十九两天，清军继续向薛家军进攻，不过攻击力度明显放缓，看样子清军放弃了一举拿下旅顺城的想法，跟薛家军打起了消耗战，不过两天战斗下来，清军每天还是赔上上千的士兵，从三月份开始，清军停止了对薛家军的进攻。
直到三月初十日，清军开始在旅顺城外修筑土台，陆要金知道真正的大战就要来临了，果然在三月十五日这天，清军从北面来了一支队伍，引起清军大营阵阵欢呼，当第二天清军往土台上架炮时，薛家军才明白昨天到来的是清军的炮兵部队。
清军炮兵部队就是由孔有德、耿仲明、尚可喜等懂得火器的明军叛军组成，孔有德、耿仲明、尚可喜是得到皇太极的手谕，第二天三月初一日就带着一万多汉军三十八门红衣大炮，从盛京直奔旅顺而来，一路上换孔有德、耿仲明、尚可喜马换人就是不停车，连更连夜走了十五天才赶到了旅顺城下。
陆要金在清军垒土台时，就知道清军很可能是要架炮，可是旅顺城的火炮够不着清军的土台，看到清军垒起近百个土台的雏形，陆要金知道情况不好，连夜跟海军都督陶要富商量，趁夜从“泰山号”“旅顺”三桅战舰上运下十门大佛朗机炮。
十六日这一天，面对清军在土台上架炮，薛家军又在大白天往城墙上运大佛朗机炮，薛家军动用八千人，花了整整一天的时间，终于把十门大佛朗机炮运到了城墙上的炮位，陆要金没有耽搁，立刻下令十门大佛朗机炮向城外的土台开炮。
从海军调来的炮手，打炮的技术果然高超，第一门大佛朗机炮仅仅试射了两炮后，第三炮就炸毁了一座清军的土台，土台上正在架炮的几十个清军，连同还没有架好的红衣大炮，一起被掀下了土台，土台下清军是一遍伤亡狼藉。
在随后的半个时辰里，薛家军轰掉了十几个土台，清军死伤数百人，还报销了好几门红衣大炮，孔有德、耿仲明、尚可喜率领的清军炮兵受不了了，纷纷逃出了薛家军火炮的射程，直到天黑薛家军炮兵炸塌了三十多个土炮台。
第二天天刚刚亮，薛家军炮兵借着黎明的阳光，就开始炮击清军有红衣大炮的土炮台，还没有来得及攻击旅顺城的清军炮台，被薛家军炮兵的炮火一一摧毁，开玩笑，在海里打活目标都没有问题，何况陆地上一动不动的土炮台。
皇太极辛辛苦苦经营了好几年的炮兵，拉出来还没有打第一仗，就被薛家军的火炮揍得落花流水，说到底还是大清国仿造的红衣大炮射程不足，不能对抗薛家军正宗的佛郎机大炮，等了十几天的大清炮兵排不上多大的用场。
皇太极以火炮对火炮的策略失败后，只好对旅顺城采取长期围困，不过这个计划并没有执行多久，四月十三日，薛家军海军第一第三舰队抵达旅顺港外海，在北海舰队的配合下，歼灭了满清水师大小战船三百余艘，建虏皇太极对旅顺薛家军的包围计划彻底失败了。
薛家军从台湾一次给旅顺方面补充了一万士兵，其中还有两千火枪兵，这使得旅顺薛家军的实力倍增，旅顺薛家军可是频频主动出击，不断消灭清军的有生力量，道三月底清军伤亡了八千多人。
被病魔缠身的皇太极彻底放弃了消灭旅顺薛家军的想法，于崇祯十年五月初三日，放火烧毁水军战舰六百多多，率领满汉蒙十万大军北返盛京，薛家军和清军旅顺之战结束，朝鲜军急忙退回鸭绿江东岸，盘踞义州一带与薛家军隔江对持。
崇祯十年六月初二日，薛家军第一第三舰队抵达仁川港，谴责朝鲜国助纣为虐进攻旅顺薛家军，要求朝鲜大王李倧断绝跟建虏的关系，派使者去杭州纳贡认罪哪知道朝鲜国做出鸵鸟模样，拒不理会薛家军海军的通牒，薛家军第一第三舰队在仁川港等候三天没有得到任何答复。
怒急之下的刘奔下令火焚仁川港，仁川港的三千多条舰船被付之一炬，大火烧了三天三夜才熄灭，这次的大火使得朝鲜国最后的一点水上力量损失怡尽，在之后的几年时间里，朝鲜国基本上失去了对朝鲜海域的控制，成了地地道道的陆上国家。
台湾内府王总管（薛庄王秀才），建议燕三娘让朝鲜光海君李珲复位，再不济也要把朝鲜割裂成两个国家，这个想法遭到台湾长史楚翊反对，长史楚翊认为朝鲜是边角之争，只要中原大局一定，朝鲜只要一纸诏书就可以摆平。
燕三娘也觉得大明的事情更棘手，无暇支持光海君李珲出兵朝鲜，让杭州海商调整方向，加强安南、日本这些新兴地区的贸易，这让杭州海商的利润大受影响，不过海上贸易就是这样，只有赚进腰包里的钱才是自己的钱。
崇祯九年清军入关，连破京畿十余城，崇祯皇帝朱由检急调卢象升率军驰援，中原农民军的压力减轻。苦苦支撑的张献忠乘机复起，联合罗汝才等部二十余万人，沿江东进，分散活动于蕲州、霍山一带，加上薛家军冒名的“闻香教”“奉天正义大将军”所部，整个湖北、河南、安徽民变军又活跃起来。
崇祯十年四月，崇祯皇帝任命熊文灿为五省总理，并增派京营禁军助战，用兵部尚书内阁大学士杨嗣昌的“四正”、“六隅”、“十面张网”围剿战略，张献忠的队伍遭受了巨大的困难。张献忠在进袭南阳的战斗中被左良玉部击败，本人也受了伤，幸被义子孙可望力救脱险，遂带部队退居谷城，为了保存实力，张献忠在谷城向五省总理熊文灿。
张献忠重金收买了熊文灿和他身边的人，受招抚后张献忠没有接受改编和调遣，不接受官衔，保持了独立性。他把四万人的部队分布在总部谷城的四郊，分四营，各设一员大将率领。在休整期间，集草屯粮，打造军器，招兵买马，训练士卒，等待时机准备东山再起。
刘国能、张天琳、罗汝才等农民军首领先后受抚，使得名不见经传的王长老所部成了湖北、陕西官军重点照顾的对象，湖北勋阳官军北上，陕西西安官军南下，在商洛山大败王长老的明教教军，杨护法在向北突围时阵亡。
王长老部两万多军民剩下不足万人，照顾商洛山根据地被摧毁，北去米脂高家军寨以无可能，王长老率部强渡黄河，进入河南河南府，摆脱了湖北、陕西官军，却被左良玉部迎头痛击，八千人马只剩下不到三千人，老营的辎重妇孺丢了个干干净净。
王长老以郎铁柱为先锋，一路流动作战奔向北直隶，准备去那里寻找明教的力量，哪知道在开封府连遭官军堵截，队伍减员非常严重，崇祯十年八月逃至北直隶大名府边境时，王长老所部已不足一千人。